تقوم فكرة «الولي الفقيه» على أساس فكرة أخرى، موجودة في الفقه السياسي الشيعي، هذه الفكرة هي فكرة «نائب الإمام» التي تقوم بدورها على أساس من عقيدة أخرى هي «غيبة الإمام» التي أسست لقضية فكرية وفقهية أخرى، هي تحريم قيام أية دولة للشيعة، قبل «رجعة الإمام»، ومن ثم النظر إلى أية دولة تقوم في الفترة بين «غيبة الإمام ورجعته» على أساس أنها دولة غاصبة ظالمة.